İşte COVID'in kökenleri hakkında yeni ortaya çıkarılan genetik verilerin tam analizi

 Genetik veriler, pazarın bir bölgesindeki yayılmanın resmini çiziyor.

Güvenlik görevlileri, 11 Ocak 2020'de Hubei Eyaletinin Wuhan kentindeki kapalı Huanan Deniz Ürünleri Toptan Satış Pazarı'nın önünde dururken, burada Wuhan sağlık komisyonu, solunum hastalığından ölen adamın mal satın aldığını söyledi.

Bir grup bağımsız uluslararası araştırmacı, Çin Hastalık Kontrol ve Önleme Merkezleri tarafından 2020 yılının Ocak ve Şubat aylarında toplanan yeni ortaya çıkarılan metagenomik verilerin tam analizini yayınladı. Veriler, SARS-CoV-2'yi vahşi hayvanların genetik izleriyle yakından ilişkilendiriyor. Grubun analizine göre, özellikle COVID-19 salgınının ilk merkez üssü olan Çin'in Wuhan kentindeki Huanan Toptan Deniz Ürünleri Pazarında satılan rakun köpekleri.

Tam analiz, pandemik koronavirüsün, pazardaki vahşi bir hayvanın virüsün at nalı yarasalardaki doğal rezervuarı ile insanlar arasında bir ara konakçı görevi görmesi ile doğal bir yayılma yoluyla insanlara sıçradığına dair ek ikna edici kanıtlar sunuyor. Arizona Üniversitesi'nde evrimsel bir biyolog olan Michael Worobey liderliğindeki 19 bilim adamı tarafından yazıldı; Kaliforniya'daki Scripps Araştırma Enstitüsü'nden bir virolog olan Kristian Andersen; ve Fransa'nın ulusal araştırma kurumu CNRS'de evrimsel biyoloji konusunda uzmanlaşmış bir teorisyen olan Florence Débarre.

Pazartesi günü geç saatlerde tam analizin yayınlanmasından önce, bulgular hakkındaki bilgiler yalnızca medya raporları ve geçen hafta analiz hakkında bilgi verilen Dünya Sağlık Örgütü'nün açıklamaları aracılığıyla kamuoyuna duyurulmuştu. Ancak, analizin arkasındaki ham metagenomik veriler hala kamuya açık değil. Kuş Gribi Verilerini Paylaşma Küresel Girişimi (GISAID) adlı halka açık bir genetik veritabanında bu ayın başlarında kısaca yayınlandı ve uluslararası araştırmacılar bu kullanılabilirlik döneminde onu indirebildiler. Ancak, veritabanının yöneticileri, Çin CDC'de bir araştırmacı olan gönderenin talebi üzerine olduğunu söyleyerek, keşfedildikten sonra verileri hızla kaldırdılar.

Karanlık veri

China CDC'deki araştırmacılar, o zamandan beri uluslararası araştırmacılara ve DSÖ'ye, şu anda bilimsel bir dergide akran incelemesinden geçen bilimsel bir el yazmasını destekleyen verileri paylaşmayı planladıklarını belirttiler. Ancak uluslararası araştırmacılar, makaleleri yayınlanmak üzere kabul edilmezse, verilerin veya belirtilen planların yayınlanması için herhangi bir zaman çizelgesi olmadığını belirtiyorlar.

Pandemi boyunca, SARS-CoV-2'nin kökenlerini araştırma çabaları, virüsün kendi sınırları dışından kaynaklandığına dair desteklenmeyen bir hipotezi savunan Çin'in engellemesiyle engellendi.

Araştırmacılar, yeni yayınlanan analize giriş niteliğindeki açıklamalarda, GISAID'in kullanım koşullarını yerine getirirken, bu verilerin kamuya ve bilimsel topluluğa sunulmasının çok uzun sürdüğünü savunuyorlar. Hem GISAID'i hem de Çin'deki meslektaşlarını kullanıma sunmaları için çağırdılar.

Tam analizlerini yayınlamayı savunmak için "GISAID kullanım koşulları, veri üreticileri kabul edildiği ve katkıda bulunanlarla işbirliği yapmak için en iyi çaba gösterildiği sürece verilerin kamuya açık tartışılmasını engellemez" diye yazdılar. "CCDC [Çin CDC] şimdiye kadar bu konuda işbirliği yapmayı reddetti. CCDC meslektaşlarımızın kendi verilerine göre bir makaleyi ilk yayınlayan olma haklarına saygı duyuyoruz ve şu anda incelenmekte olan el yazmalarıyla rekabet edecek bir makale göndermeyi planlamıyoruz. ." Yine de, GISAID'in China CDC'nin akran incelemesi sırasında genetik verileri kamuoyunun görüşünden kaldırmasına izin vermesiyle, veri tabanının China CDC'ye esasen bir ambargo verdiğini, bunun da GISAID'in virolojik verilerin paylaşılması için bu tür engellerin hızla üstesinden gelme misyonundan bir sapma olduğunu savundular.

Araştırmacılar, "Huanan Pazarından örnekler Ocak ve Şubat 2020'de toplandı ve salgının kökenini anlamadaki önemleri göz önüne alındığında, bunun mantıksız bir süre geçtiğini düşünüyoruz" diye yazdı.

veri bağlamı

Ayrıca, GISAID'de kısaca yayınlanan metagenomik verilerin, China CDC'nin sahip olduğu ve uluslararası toplumla paylaşmadığı genetik verilerin tamamı olmadığının altını çizdiler. Diğer pazar örneklemelerinden elde edilen metagenomik verilerin halka açık olarak görülmeye devam ettiğini belirtiyorlar.

Bununla birlikte, grubun şimdiye kadar ele geçirdiği veriler, yıkıcı salgının nasıl başladığına dair neredeyse eksiksiz bir tablo çiziyor. Metagenomik veriler, analizin ek B'sinde listelenen ancak şu anda halka açık olmayan yaklaşık 50 veri dosyasından geldi. Veriler, China CDC'nin 1 Ocak 2020'de kapatıldıktan sonra Huanan pazarı çevresinde topladığı bazı swablardan ve atık su örneklemesinden alınan metagenomik sekanslardır. Bu swablar daha önce rapor edilmişti; Şubat 2022'de Çin CDC araştırmacıları, piyasadan alınan 1.380 çevresel ve hayvan örneği üzerinde bir ön baskı çalışması yayınladı.

Baskı öncesi çalışma, o zamanlar China CDC'nin direktörü olan George Gao tarafından yönetildi. Çevresel sürüntülerin SARS-CoV-2 için pozitif olduğunu ve insan genetik materyali içerdiğini, ancak piyasadaki hayvanların -çoğunlukla tavşan, sokak kedisi, yılan ve kirpi dahil olmak üzere- tümünün negatif olduğunu belirtti. Bu bulguları göz önünde bulunduran Gao ve meslektaşları, virüsü büyük pazara hayvanların değil insanların getirdiği ve daha sonra pazarı her gün ziyaret eden çok sayıda insan nedeniyle enfeksiyonun bir yükseltici işlevi gördüğü sonucuna vardılar. Çin daha önce virüsün ülkeye piyasada satılan ithal dondurulmuş gıdalar üzerinden bulaştığını öne sürmüştü.

Yine de, bu ön baskı verileri, SARS-CoV-2-pozitif numunelerin ağırlıklı olarak canlı memelilerin satıldığı pazarın güneybatı bölgesinde olduğunu gösterdi. Ortak DSÖ-Çin çalışması ve geçen Temmuz ayında Worobey ve meslektaşları tarafından Science dergisinde yayınlanan bir analiz de dahil olmak üzere diğer araştırmalar da aynı şeyi buldu. Science makalesinin Şekil 4'ünde Worobey ve ortak yazarları, pazarın güneybatı köşesinin en yüksek SARS-CoV-2-pozitif çevre örneklerine sahip olduğunu ve ayrıca yasadışı olarak satılan vahşi memelilerin tutulduğu yer olduğunu gösterdi. Bu, biri 2014 yılında çalışma yazarlarından biri olan Sidney Üniversitesi'nden bir biyolog olan Edward Holmes tarafından fotoğraflanan rakun köpeklerini içerir. Çalışma ayrıca, en eski insan COVID-19 vakalarından bazılarının, canlı hayvanların barındırıldığı pazarın batı kısmında kümelendiğini de buldu.

Genetik izler

Yeni yayınlanan analiz, China CDC tarafından o güneybatı köşesindeki tezgahlardan ve pazarın başka yerlerinden alınan yaklaşık 50 SARS-CoV-2-pozitif sürüntüden alınan ek genomik verileri içeriyor. Gao ve meslektaşları tarafından yapılan ön baskının aksine, metagenomik veriler, güneybatı bölgesindeki sürüntü örneklerinin yalnızca SARS-CoV-2 ve bazı insan genetik materyalleri için pozitif olmadığını, aynı zamanda vahşi hayvanlardan, bazıları da dahil olmak üzere vahşi hayvanlardan genetik materyalle dolu olduğunu gösteriyor. SARS-CoV-2 enfeksiyonuna duyarlı olduğu bilinen. Bunlara rakun köpekleri, Sibirya gelincikleri, Amur kirpileri, ağarmış bambu fareleri, Malaya kirpileri, köpekler, Himalaya dağ sıçanları ve maskeli palmiye misk kedileri dahildir.

Huanan pazarındaki SARS-CoV-2-pozitif numunelerde bulunan memeli mtDNA dizilerinin mekansal dağılımı.

Veri önbelleği, yüksek düzeyde rakun köpeği genetik materyali içeren iki bölmeden alınan altı örnekten alınan metagenomik bilgileri içeriyordu. Rakun köpeklerinin SARS-CoV-2 enfeksiyonlarına duyarlı olduğu ve yüksek düzeyde viral partikül saçtığı bilinmektedir. Özellikle, bir arabadan alınan bir örnek, Q61, rakun köpeği genomuyla yüzde 100 özdeşliğe sahip 1.252 genetik parça içeriyordu, ancak insan genomuyla bu kadar mükemmel bir eşleşmeye sahip sıfır dizi içeriyordu. Araştırmacılar, neyin kodlandığını görmek için genetik parçalara daha yakından baktıklarında, sürekli aktif olan genlerin yanı sıra, mukus üretimi ve koku reseptörleri gibi dokuya özgü genlerin bir karışımını buldular. Bu bulgular, sürüntülerin, SARS-CoV-2 gibi bir solunum virüsü ile hasta olan hayvanlarda daha olası olabilecek rakun köpeği burun salgılarını topladığını ima ediyor.

Huanan pazarının güneybatı köşesindeki bir tezgahta Cart 1'deki konakçı genomlara referans vermek için Trinity10 tarafından bir araya getirilen sekans kontiglerinin haritalanması.

Piyasanın en yüksek virüs pozitif numune yoğunluğuna sahip ve çevresinde en eski COVID-19 vakalarının çoğunun tespit edildiği bir bölgesinde vahşi hayvanlardan ve SARS-CoV-2'den elde edilen genetik materyalin bu kadar yakın karışımı, ikna edici bir argüman oluşturuyor: Araştırmacılar, doğal bir yayılmanın meydana geldiğini ve özellikle pazarın bu alanında meydana geldiğini iddia ediyor.

Worobey, Anderson, Débarre ve meslektaşları, analizlerinin son sözlerinde, bu verilerin pandeminin kökenine ilişkin diğer verilerle nasıl örtüştüğünü hızlıca özetliyor. Huanan pazarının, salgının ilk merkez üssü olduğunu ve erken vakaların çoğunun pazarla doğrudan bağlantılı olduğunu veya yakın çevrede meydana geldiğini bir kez daha vurguluyorlar. Piyasa genelinde SARS-CoV-2 örnekleri ve vakaları bulunurken, en yüksek pozitif örnek konsantrasyonu, çoğunun virüse duyarlı olduğu bilinen vahşi hayvanların bulunduğu tezgahlarda yoğunlaştı. Ayrıca, en eski insan vakalarının çoğu da pazarın batı bölgesindeki bu alanı çevreliyordu.

Ayrıca, geçen yıl Science'ta yayınlanan ayrı bir genetik çalışmanın, pandeminin ilk günlerinde SARS-CoV-2'nin iki genetik soyunun (A soyunun ve B soyunun) olduğunu bulduğunu belirtiyorlar. insanlar, günler ila haftalar arayla iki ayrı olayda. Her iki soy da piyasada bulundu. San Diego'daki California Üniversitesi'nden Jonathan Pekar liderliğindeki çalışmanın yazarları, bir dizi modellemeye dayanarak, SARS-CoV-2 soy B'nin Kasım ayı ortasında Huanan pazarında insanlara sıçramasının büyük olasılıkla olduğu sonucuna vardı. 2019 ve soy A, Kasım ayı sonlarında Huanan pazarında insanlara sıçradı.

Sonraki adımlar

Yeni verilerin, SARS-CoV-2'nin Wuhan'daki bir viroloji laboratuvarındaki bir biyogüvenlik ihlali yoluyla insanlara girdiği şeklindeki rakip hipotezin bazı sadık destekçilerini etkilemesi pek olası değil - "laboratuvar sızıntısı" hipotezi. Bunun için doğrudan bir kanıt yok ve virologlar, genetikçiler ve ABD istihbarat topluluğu, SARS-CoV-2'nin biyolojik bir silah olarak geliştirilmediği ve genetik olarak tasarlanmadığı konusunda büyük ölçüde hemfikir. Laboratuvar sızıntısını savunanlar, pazarın yalnızca virüs için bir süper yayıcı bölge olduğunu savunurken, her ikisi de pazara bağlı olan iki erken SARS-CoV-2 genetik soyunun varlığı bu hipotezi zorluyor. Doğru olmak gerekirse, laboratuvar çalışanlarına bulaşmak için iki ayrı kaza gerekir ve daha sonra her ikisi de virüsü bu belirli bir vahşi yaşam pazarında yayar.

Yeni analizin yazarları, daha kanıta dayalı bir senaryonun, bir grup vahşi, yasadışı olarak satılan vahşi memelinin virüsü 2019'un sonlarında piyasaya sürdüğü ve burada sürekli olarak bulaşıcı virüs saçarak virüsün uyum sağlaması için çok sayıda fırsat sağladığını savunuyorlar. ve haftalar, muhtemelen aylar boyunca insanlara sıçrar. Genetik veriler, pazarın dışına yayılmadan önce canlı hayvanların satıldığı pazarın güneybatı köşesinden iki kez yayıldığını gösteriyor. Bu, 2003'teki SARS salgınına neden olan SARS-CoV-1'in yayılmasına benzer bir senaryo. Araştırmalar, maskeli misk kedilerinden ve potansiyel olarak diğer vahşi hayvanlardan (bir rakun köpeği dahil) bulaştığını gösteriyor. biri Huanan'da. Orta Doğu solunum sendromuna (MERS) neden olan MERS-CoV'nin ise virüsün ara konakçısı olan tek hörgüçlü develer yoluyla insanlara bulaştığı biliniyor.

Yeni genetik verilerle Worobey, Anderson, Débarre ve meslektaşları, analizlerinin, zaman hızla akıp gitse de virüsü piyasaya taşımış olabilecek genetik olarak ilişkili vahşi hayvanların izini sürmeye yardımcı olabileceğini söylüyor.

"SARS-CoV-2'nin kaynağına ilişkin ileri çalışmalar, burada SARS-CoV-2'nin tespit edildiği yaban hayatı sattığı belirlenen tezgahların tüm tedarik zincirlerinin araştırılmasının yanı sıra pazara tedarik sağlayan yaban hayatı çiftliklerinin popülasyon genetik çalışmalarını içermelidir. ve Wuhan ve ötesindeki vahşi popülasyonların sayısı" diye yazıyorlar. "Ancak söz konusu olaylar üç yıldan fazla bir süre önce meydana geldiği için bu soruşturmalar için fırsat penceresi kapanıyor."